מטרת מערך החינוך המיוחד הינו לתת מענה חינוכי לתלמידים בגילאי 21-3 מכל המגזרים, בעלי קשיים שונים. 
רוב מסגרות החינוך המיוחד קיימות באפרת, כאשר לעיתים עולה צורך למצוא מסגרת לימודית ייחודית הנמצאת מחוץ לאפרת, תוך מתן חשיבות ודיוק לצרכיו הרגשיים והתפקודיים של התלמיד.
השירותים לתלמידים הזכאים לחינוך מיוחד באפרת כוללים שילוב במסגרות רגילות עם ליווי מתאים, הנקרא סל אישי או בכיתות קטנות מותאמות בתוך בתי הספר הרגילים. 
מסגרות החינוך באפרת, החל בגני הילדים וכלה בכיתות השונות בבתי-הספר היסודיים והתיכוניים, נותנות מענה מותאם לצרכיו המיוחדים של כל תלמיד. 
צוותי בית-הספר בשיתוף פעולה מלא עם ההורים, מאתרים את התלמידים בעלי קשיים בכל רמות התפקוד ומלווים אותם לאורך כל תהליך הגשת הבקשה לזכאות ואפיון .